L'Azienda è composta da due ospedali.
Il più grande dei due è l'ospedale generale "Civico", dotato di un dipartimento di emergenza e di unità operative di diagnosi e cura di tutte le discipline specialistiche a basso, medio ed elevato livello di assistenza, nonché una di serie di strutture di terapia intensiva, con un numero complessivo di oltre 750 posti letto.
Il secondo è l'ospedale specializzato pediatrico "Di Cristina", sede del Dipartimento di Pediatria, dotato di un pronto soccorso e di 15 unità operative di diagnosi e cura.
Fine istituzionale dell'Azienda "Civico – Di Cristina – Benfratelli" è l'erogazione, sia in regime di ricovero che in forma ambulatoriale, di servizi e prestazioni di diagnosi e cura delle malattie acute e di quelle che richiedono interventi di urgenza.
Le prestazioni erogate dall'Azienda ospedaliera comprendono le visite mediche, l'assistenza infermieristica, e ogni atto e procedura diagnostica e terapeutica necessari per risolvere i problemi di salute di adulti e bambini, degenti e non degenti, compatibili con il livello di dotazione tecnologica delle singole strutture.
L'Azienda, dotata di oltre 800 posti letto, partecipa ai programmi nazionali e regionali nei settori dell'emergenza, dei trapianti, della prevenzione, della tutela materno-infantile e delle patologie oncologiche, e svolge attività didattiche e di ricerca.
In collaborazione con l'Azienda Ospedaliera "Vincenzo Cervello" di Palermo e con l'Università di Pittsburgh (Pennsylvania, USA) quest'Azienda ospedaliera, in applicazione dell'articolo 9 bis del decreto legislativo 502/92 e successive modificazioni e integrazioni, ha costituito, sotto forma di società di diritto civile a responsabilità limitata, l'Istituto Mediterraneo per i Trapianti e le Terapie ad alta specializzazione (IsMeTT), che svolge la sua attività all'interno dell'Ospedale "Civico".
L'Azienda è sede del Coordinamento regionale prelievo e trapianto d'organo per l'area di Palermo, Caltanissetta e Trapani e del Servizio di Urgenza – Emergenza Sanitaria "118" per le province di Palermo e Trapani.